המלאך הרביעי, שצולק בעקבות הפגיעה השנייה, תוקף את טוקיו-3, וגורלה של האנושות מונח בידי הסוכנות הממשלתית המיוחדת נרוו. שינג'י איקארי הצעיר נאלץ להטיס את אווה-01. הוא והטייסת של אווה-00, ריי איאנמי, נשלחים למשימה, אך המלאך השישי מצליח לפגוע באווה-01. מיסטו קסוראגי מתכנן להזין את כל החשמל בים לתותח הפוזיטרונים של אווה-01 כדי להביס את המלאך.