הסרט מגולל את סיפור המקור של הדמות האיקונית מג'י איי ג'ו, עיני נחש. עיני נחש הוא מתבודד אשר מתקבל בזרועות פתוחות לשבט יפני עתיק בשם אראשיקאג'ה לאחר שהציל את יורש העצר שלהם. עם הגעתו ליפן, הם מלמדים אותו את דרכי לוחם הנינג'ה ובד בבד גם מספקים לו את מה שייחל לו – בית. אך כאשר סודות מעברו נחשפים, נאמנותו וכבודו של עיני נחש יעמדו למבחן – גם אם זה אומר לאבד את אמונם של הקרובים אליו ביותר.